En 1981 se modifica la estructura de la administración pública estatal elevando a rango de Secretarías nueve dependencias, incluyendo una que resultó denominada Secretaría de Educación, Cultura y Bienestar Social, teniendo entre sus responsabilidades la educación básica en la entidad.
En 1997 la situación en la prestación de los servicios educativos enfrentaba al gobierno estatal a los retos de un continuo crecimiento de la población escolar. Los esfuerzos por mejorar la calidad y el importante número de programas de apoyo que atendían aspectos de equidad y desarrollo tecnológico, hacían urgente establecer una nueva etapa de articulación y coordinación entre los dos componentes de la educación básica en la entidad: la Dirección General de Educación Básica y los Servicios Educativos Integrados al Estado de México.
En esos años se crearon al interior de la entonces Secretaría de Educación, Cultura y Bienestar Social, las Subsecretarías de Educación Básica y Normal y la de Educación Media Superior y Superior. Esta nueva estructura apoyó al Secretario en la atención de la demanda con calidad y eficiencia.
Ante la evolución de la demanda y la dinámica poblacional, primero en 2016 y luego en 2019, la Secretaría de Educación se reestructuró en sus áreas fundamentales. Las dos subsecretarías sustantivas se subdividieron para crear adicionalmente la Subsecretaría de Educación Superior, que incluye a la educación Normal. Esta restructuración permitió reforzar la Subsecretaría de Educación Básica, en favor de los niveles educativos de preescolar, primaria y secundaria. También redimensionó las acciones de inclusión y fortalecimiento educativo, para impulsar la educación física, artística, para la salud y la educación especial, en los mismos niveles educativos, así como la educación para los jóvenes y adultos en rezago educativo. Con esta última reestructuración, la Subsecretaría de Educación Básica se integra actualmente de cuatro Direcciones Generales (Preescolar, Primaria, Secundaria e Inclusión y Fortalecimiento Educativo), la Dirección de Coordinación Regional, la Subdirección de Formación Continua, cuatro Unidades Staff y 14 Subdirecciones Regionales de Educación Básica.